通过Response.Flush()实现对服务端文件的下载时，会失败，不能正常弹出IE下载框，经过测试发现需要进行如下设置后即可解决。

进入 【工具】--->【Internet选项】--->【安全】--->【可信任站点】
 
文件下载的自动提示改成启用即可解决问题

当然得把访问的网站加入到信任站点才行。