在r语言环境下安装poppr包时，遇到rglpk包安装失败的问题，主要原因是缺少glpk的共享依赖。以下是解决此问题的方法：

背景

在使用服务器的R语言环境中，尝试安装poppr包时，遇到了以下错误：

In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32:vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39:10: fatal error: glpk.h: No such file or directory   39 | #include       |          ^~~~~~~~compilation terminated.make: *** [/data1/username/0030.software/python/3.8/envs/r-4.3.2/lib/R/etc/Makeconf:193: vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘igraph’

主要问题在于Rglpk包无法安装，因为系统中缺少glpk的共享依赖。许多教程建议使用root权限通过yum安装glpk，但我们选择不使用root权限，而是以普通用户身份解决此问题。

解决方案

1. 安装Glpk到用户目录，用于R依赖

cd ~
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/username/GLPK
make
make install

2. 下载Rglpk包

cd /path/to/rpackages
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
tar xvf Rglpk_0.6-5.1.tar.gz

3. 让R可以识别到依赖

由于我的R环境是通过conda安装的，因此我首先激活了环境。

移动文件并设置变量，使R能够识别到依赖：

mamba activate r-4.3.2
mv /home/username/glpk-4.54 /path/to/rpackages/Rglpk/src/GLPK
export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export CPATH=/home/username/GLPK/include

然后，通过命令行安装Rglpk包：

R CMD INSTALL Rglpk

完成上述步骤后，Rglpk包应能正常安装并使用，依赖于Rglpk的其他R包也将能够顺利安装。

写在最后

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